环境保护部按行业制订并公布排污许可分类管理名录,分批分步骤推进排污许可证管理。排污单位应当在名录规定的时限内持证排污，禁止无证排污或不按证排污。
排污许可证，是指排污单位向环境保护行政主管部门提出申请后,环境保护行政主管部门经审查发放的允许排污单位排放一定数量污染物的凭证。排污许可证属于环境保护许可证中的重要组成部分，而且被广泛使用。排污许可证制度,是指有关排污许可证的申请、审核、颁发、中止、吊销、监督管理和罚则等方面规定的总称。
国家排污许可证申请材料具体包括八大类：
1、排污许可证申请表；
2、自行监测方案；
3、由排污单位法定代表人或者实际负责人签字或盖章的承诺书；
4、 排污单位有关排污口规范化的情况说明；
5、 建设项目环境影响评价文件批复文号，或按有关规定经地方人民政府依法处理、整顿规范并符合要求的相关证明材料；
6、排污许可证申请前信息公开情况说明表（适用于排污许可重点管理的排污单位）；
7、城市污水集中处理设施还应提供纳污范围、纳污排污单位名单、管网布置、最终排放去向等材料；
8、《排污许可管理办法（试行）》实施后的新改扩建项目排污单位存在通过污染物排放等量或减量替代削减获得总量指标情况的，且被替代削减的排污单位已经取得排污许可证的，应提供被置换排污单位的排污许可证变更完成的相关材料；
9、法律法规规章规定的其他材料。
企事业单位排污许可证具体程序为：
1、企事业单位填报网上申报信息，提交纸质排污许可证申请资料；
2、环保主管部门收到申请材料后，审批并提出修改意见、审核通过后核发排污许可证；
3、企事业单位自行监管企业环境管理情况，并按时提交执行报告；
4、环保部门采用不定期抽查等方式依证监督执法。
5、取得排污证后按照自行监测方案及时安排监测，并上报监测数量。
6、取得排污证后按照行业技术指南完成日常台账记录。